Inter Miláno

Po MS 1998 prestúpil Baggio do Interu, kde však nedostával toľko priestoru na ihrisku ako predtým. Napriek tomu pomohol Interu v sezóne 1998-1999 až do štvrťfinále v Lige Majstrov, kde Inter nestačil na neskoršieho víťaza Manchester United.

Po príchode trénera Lippiho do Interu dostával stále menej príležitostí a tak sa nedostal do Talianskej reprezentácie na EURO 2000.